De zee-arbeidsovereenkomst kan net als een gewone arbeidsovereenkomst niet worden opgezegd zonder schriftelijke instemming van de werknemer, tenzij sprake is van een van de omstandigheden als bedoeld in sub a tot en met sub h van artikel 7:671 lid 1 BW. De vereisten uit artikel 7:669 BW zijn eveneens van overeenkomstige toepassing op de zee-arbeidsovereenkomst. De zee-arbeidsovereenkomst kan op de volgende wijzen eindigen (net als de gewone arbeidsovereenkomst):
Einde van rechtswege
De zee-arbeidsovereenkomst voor bepaalde tijd eindigt in beginsel in de eerste haven die het zeeschip aandoet nadat de tijd is verstreken en, voor zover nodig, opzegging heeft plaatsgevonden. Nu hierover niets in afdeling 7.10.12 BW is bepaald, geldt op deze regel de stilzwijgende voortzetting (artikel 7:668 BW) en de ketenregeling (artikel 7:668a BW). Deze bepalingen zijn namelijk van overeenkomstige toepassing op de maritieme arbeidsovereenkomst voor bepaalde tijd.
De ‘arbeidsovereenkomst bij de reis’ eindigt na afloop van de reis of de reizen waarvoor zij is aangegaan. De ‘arbeidsovereenkomst bij de reis’ is een typisch zeerechtelijk voorbeeld van een arbeidsovereenkomst voor betrekkelijk bepaalde tijd en kan in die zin worden vergeleken met een arbeidsovereenkomst die wordt gesloten voor de duur van een bepaald karwei, project of seizoen, dan wel voor de duur van de vervanging van een zieke werknemer. Strikt genomen is voor deze tijdelijke arbeidsovereenkomst dus eigenlijk geen afzonderlijke regeling nodig. In het geval de zee-arbeidsovereenkomst eindigt in een andere haven dan overeengekomen, eindigt de arbeidsovereenkomst op het tijdstip waarop de zeevarende is gerepatrieerd.
Einde door opzegging
De zeevarende in dienst aan boord van een zeeschip dan wel de werkgever, kan de voor onbepaalde tijd aangegane zee-arbeidsovereenkomst door middel van een schriftelijke opzegging beëindigen in iedere haven die wordt aangegaan met inachtneming van een opzegtermijn van ten minste zeven dagen. De termijn van opzegging mag voor de werkgever voorts niet korter worden gesteld dan voor de zeevarende. In de cao voor de Handelsvaart is een opzegtermijn van zeven dagen overeengekomen bij opzegging in een Nederlandse haven (lid 4) en veertien dagen bij opzegging in het buitenland (lid 6). Voorts is in de cao bepaald dat indien de arbeidsovereenkomst binnen zes weken na haar aanvang wordt opgezegd, de opzegtermijn in een Nederlandse haven drie dagen bedraagt. De korte opzegtermijn voor zeevarenden geldt alleen ten aanzien van de zeevarende die op het moment van de opzegging in dienst is aan boord van het schip. De opzegtermijn van zeven dagen geldt dus met andere woorden niet ten aanzien van de zeevarende die op dat moment walverlof geniet.
Werkgever en werknemer kunnen de zee-arbeidsovereenkomst op voet van artikel 7:677 lid 1 BW onverwijld vanwege een dringende reden opzeggen tegen het tijdstip waarop het zeeschip zich in een haven bevindt. In de artikelen 7:726 en 7:727 BW worden voorbeelden van dringende redenen voor de onverwijlde opzegging gegeven. De zeevarende heeft dan recht op repatriëring, hetgeen wil zeggen dat de zeevarende in een voorkomend geval een recht op vrij (kosteloos) vervoer naar een thuishaven heeft (hetzelfde geldt bijvoorbeeld ten aanzien van de arbeidsongeschikte zeevarende). Daaronder zijn begrepen de kosten van onderhoud en nachtverblijf vanaf het einde van de arbeidsovereenkomst tot de aankomst in de plaats van bestemming. Het recht op repatriëring is dus een typisch maritiem recht. In artikel 7:718 BW worden de omstandigheden waarin de zeevarende het recht op repatriëring toekomt, expliciet genoemd (lid 1). De situatie waarin de zeevarende ten gevolge van het ontslag schadeplichtig is geworden, wordt daarvan niet langer uitgezonderd. In lid 2 wordt voorts aangegeven welke specifieke kosten van de repatriëring voor rekening van de werkgever komen.
Bevoegde rechter
Alvorens te kunnen vaststellen welk recht van toepassing is, zal eerst dienen te worden vastgesteld welke rechter bevoegd is om van het arbeidsgeschil van de zeevarende kennis te nemen. Binnen de EU zijn rechters daarbij gebonden aan de regels van de Brussel Ibis verordening (opvolger van de EEX-verordening, ook wel Brussel I genoemd). De Brussel Ibis verordening is in beginsel van toepassing indien de verweerder zijn woonplaats heeft op het grondgebied van een EU-lidstaat.
Brussel Ibis maakt voor bevoegdheidstoekenning een onderscheid tussen werknemers en werkgevers. Treedt de zeevarende als eisende partij op, dan kan hij profiteren van de zogenoemde alternatieve bevoegdheidsregeling: hij kan de werkgever dagvaarden voor de rechter van de plaats van vestiging van de werkgever maar ook voor de rechter van de plaats van waaruit hij gewoonlijk zijn arbeid verricht(te). Indien de zeevarende niet gewoonlijk vanuit één land zijn arbeid verricht(te), kan hij de werkgever tevens dagvaarden voor de rechter van de plaats waar zich de vestiging bevindt of bevond die hem in dienst heeft genomen, mits deze zich op het grondgebied van een lidstaat bevindt. De werkgever kan daarentegen slechts dagvaarden voor de rechter van het land waar de zeevarende zijn woonplaats heeft.
Indien het gaat om een vordering uit een arbeidsovereenkomst van een in Nederland gevestigde reder op een zeevarende die woonplaats heeft op de Filipijnen, dan valt dit geschil niet onder het toepassingsbereik van Brussel Ibis. In zo’n geval zal de bevoegdheid van de rechter worden onderzocht aan de hand van het Wetboek van Burgerlijke Rechtsvordering als een Nederlandse rechter is aangezocht, dan wel aan de hand van de Filipijnse internationaal privaatrecht als een Filipijnse rechter is aangezocht. In de omgekeerde situatie, waarin de Filipijnse zeevarende een vordering wenst in te stellen tegen zijn in Nederland gevestigde werkgever, zal de Nederlandse rechter zijn bevoegdheid wel aan de hand van de bepalingen van kunnen vaststellen.
Voor procedures gestart vóór 10 januari 2015 geldt dat de EEX-verordening (ook wel Brussel I verordening genoemd) van toepassing is.
Ontbinding door de kantonrechter
Het is mogelijk de zee-arbeidsovereenkomst door de kantonrechter te laten ontbinden. Als hoofdregel geldt in beginsel dat alle geschillen ter zake van de zee-arbeidsovereenkomst worden voorgelegd aan de Kantonrechter Rotterdam (art. 7:705 BW). Voor de ontbinding van de zee-arbeidsovereenkomst wordt vastgehouden aan de bevoegdheidsregel in art. 7:685 lid 3 BW. De wetgever geeft in de toelichting op art. 7:728 BW aan dat ontbindingsgeschillen een dermate algemeen karakter hebben, dat de op grond van art. 7:685 BW jo. art. 99, 100, 107, 108 of 109 Rv bevoegde kantonrechter gewoon bevoegd blijft. Meestal is dat de kantonrechter van de woonplaats van de gedaagde (art. 99 Rv).